LEISTUNGSKATALOG
| Präparation | Ausgangsmaterial¹ |
|---|---|
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DNA-Isolation |
FFPE-Schnitte, Blut, getrocknete Blutstropfen, Wangenabstrich, Speichel. |
| RNA-Isolation | FFPE-Schnitte |
¹ Die Probennahme des Ausgangsmaterials wird durch den Einsender durchgeführt und anschließend unter Einhaltung der Anforderungen an den Probentransport an die PathoNext gesendet.
| Service | Informationen |
|---|---|
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Qubit |
Messung DNA-Konzentration |
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TapeStation |
Messung Größe der Fragmentlängen |
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Library Qualitätskontrolle und ggf. Aufreinigung |
Bei der Einsendung bereits fertiger Libraries |
| Service |
Informationen |
|---|---|
| WGS (Whole-genome sequencing) / WES (Wohle-exome sequencing) | |
| Standard Whole-Genome Sequencing | germline (30x coverage) or somatic (50x coverage) |
| PCR-free Whole-Genome Sequencing | germline (30x coverage) or somatic (50x coverage) |
| Whole-Exome Sequencing | germline (20x coverage) or somatic (100x coverage) |
| Sondenbasierte Anreicherung (Target enrichment) | |
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PathoNext Gen-Panel für solide und hämatologische Tumore (119 Gene) |
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OncoDeep Gen-Panel (OncoDNA) (638 DNA Gene, 22 RNA Gene) |
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TSO500 Gen-Panel (Illumina) (523 DNA Gene, 55 RNA Gene) |
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AmoyDx® HRD Focus Panel |
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| LymphoTrack®Dx Assay | |
| RNA-Seqenzierung | |
| Metagenomik | |
| Shotgun sequencing | 3GB/Probe |
| Service | Information |
|---|---|
| MiSeq | |
| MiSeq 2x150bp | V2 Chemie |
| MiSeq 2x300bp | V3 Chemie |
| NovaSeq | |
| NovaSeq SP 2x150bp | |
| NovaSeq SP 2x250bp | |
| NovaSeq S1 2x150bp | |
| NovaSeq S2 2x150bp | |
| NovaSeq S4 2x150bp | pro flowcell oder lane |
| NovaSeq 2x150bp sequencing | assuming the samples will be multiplexed on an SP flowcell together with other projects |
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Aviti24 |
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AVITI 2x150 Sequencing Kit Cloudbreak FS Low Output |
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AVITI 2x150 Sequencing Kit Cloudbreak FS Medium Output |
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AVITI 2x150 Sequencing Kit Cloudbreak FS High Output |
² Weitere Optionen auf Anfrage möglich, bitte nehmen Sie Kontakt über das Kontaktformular auf.
| Service | Details |
|---|---|
| DNA-Analysen | |
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Keimbahn Varianten Analyse– Kleines Panel (<5MB) |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
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Keimbahn Varianten Analyse– Medium Panel (<30MB) |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
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Keimbahn Varianten Analyse– WGS/WES (>30MB) |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
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Somatische Varianten Analyse– Kleines Panel (<5MB) |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
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Somatische Varianten Analyse– Medium Panel (<30MB) |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
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Somatische Varianten Analyse– WGS/WES (>30MB) |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
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Strukturelle Varianten Analyse |
add-on Service für Varianten Calling |
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Varianten Annotation und Interpretation |
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| RNA Analysen | |
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Differential Gene Expression Analysis |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Quantifizierung der Genexpression |
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Detection of fusion genes |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Detektion von Fusionsgenen |
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RNA Variant Calling |
inklusive Trimming, Mapping zum Referenzgenom und Varianten Calling |
| Metagenomik | |
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Taxonomische Klassifizierung |
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Ermittlung der mikrobiellen Diversität |
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Analyse von antimikrobiellen Resistenzgenen und Markern |
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| Panel Design für sondenbasiertes Target Enrichment |
Auf Anfrage möglich |